Solución
Simplemente ejecuta
dpkg --get-selections | awk '/deinstall$/ {print $1}' | xargs sudo dpkg --purgey puedes estar seguro de que no quedará en tu sistema ningún archivo de configuración viejo de paquetes desintalados.
Explicación
dpkg --get-selections devuelve una lista de paquetes instalados en el sistema, pero también de paquetes que han sido desinstalados y no purgados. Este comando devuelve una lista en la que cada línea es 'nombre_paquete install' o 'nombre_paquete deinstall'.
awk '/deinstall$/ {print $1}' simplemente extrae package_name de cada línea marcada como deinstall, resultando una lista de paquetes deinstalados, pero no purgados.
xargs sudo dpkg --purge finalmente purga todos esos paquetes desinstalados, pero no purgados
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